Знаете ли Вы, что при загрузке файлов в библиотеку, SharePoint изменяет файлы. При этом меняется их размер. Правда, это справедливо не для всех типов файлов. Только офисные форматы подвержены изменениям. При этом файлы старого формата (doc, xls, ppt) и нового (docx, xlsx, pptx) меняются по-разному.

Что меняется в файлах, так это метаданные - значения столбцов библиотеки (типа контента), которые были введены при добавлении документов. Такие типы файлов, как, например, pdf и txt не изменяются.

Если Вы не хотите этих изменений, Вы вправе их отключить. Отключается эта функция на уровне веб узла установкой свойства SPWeb.ParserEnabled. (http://msdn.microsoft.com/en-us/library/microsoft.sharepoint.spweb.parserenabled.aspx)